Die Akademie wird von einem Direktor geleitet, der in Personalunion auch Stiftungsdirektor der Paul-Gerhardt-Stiftung und Theologischer Vorstand der Paul Gerhardt Diakonie ist. Mit ihm zusammen gestalten ausgewiesene Referentinnen und Referenten die inhaltliche Tagungsarbeit in den unterschiedlichen Themenfeldern.

Für den reibungslosen Ablauf der Tagungen sorgt das Sekretariat der Akademie.

Die Akademie ist Mieterin im historisch bedeutsamen Bugenhagenhaus, das der Evangelischen Stadtkirchengemeinde in der Lutherstadt Wittenberg gehört. Partnerschaftlich verbunden ist die Akademie ebenso mit der Cranach-Stiftung - das neu eröffnete Gästehaus "Cranach-Herberge" steht mit einzigartigem historischen Ambiente für die Übernachtung bereit - sowie mit dem im Bugenhagenhaus ansässigen Café Klatschmohn, das für die Versorgung mit ausgewählten Speisen und Getränken verantwortlich ist.

Die Realisierung der vielfältigen Aufgaben finanziert die Akademie aus Beiträgen der Paul Gerhardt Diakonie und der Paul-Gerhardt-Stiftung.